近年來，我國在農村污水治理方面投入了大量的資金，也取得了一定的效果，然而各地在治理農村污水時遇到的問題大體類似，農村污水治理的資金投入、實施模式以及后期的監管問題，始終沒有很好的應對措施。因此很多所謂的比較成功的示范案例并不適合大規模推廣。

　　在美麗新農村建設中，各地大多優先考慮自來水、交通基建，垃圾分類處理和污水處理的配額相對較低，因此農村污水處理項目資金不足是普遍現場;同時農村生活污水處理項目建設投資較大，成本相對較低無動力的人工濕地處理系統，投資與運行費用已是相對最低，但噸水投資也在5000元左右，建一個10-15噸的污水處理池造價一般在30萬左右，若是要求出水達到一級標準，則需要采用微動力的一體化設備，算上管網建設一個村莊的污水處理站整體造價可能達到上百萬，保障項目穩定運行還得追加維護費用。

　　關于農村污水處理建設模式，業內始終存在爭論。目前主推的是PPP模式，但這種模式在實施過程中存在不少問題，對項目的實施造成了很多實際困難。PPP項目有嚴格的申報、審批流程。農村污水處理項目目前沒有清晰的盈利、收費條規，完全依賴政府撥款顯然是僧多粥少。

　　國內農村污水處理項目的管理目前還處于探索階段。部分地區借鑒污水處理廠的模式，在農村生活污水處理設施前端裝流量計，后端裝在線監測，或委托第三方開展定期人工采樣監測，都會大幅提升項目的建設運維成本。而對于一些疏于監管的項目，則容易形成曬太陽工程。